09／01

本部自103年9月起創刊發行反性別暴力電子報，以雙月出刊方式提供民眾性別暴力相關訊息。

09／01

全面提供國小一年級學童臼齒窩溝封填服務，及封填後6個月及12個月評估檢查或脫落。

09／02

傳染病統計資料英文版查詢系統線上啟用，以英文介面提供最新傳染病疫情訊息。

09／02

公告訂定「輸入食品及相關產品符合免申請輸入查驗之條件與其適用之通關代碼」，並自公告日生效。

09／02

公告訂定「我國籍漁船捕獲之漁獲物，經行政院農業委員會漁業署認定為國產漁貨者之專案免驗通關代碼DH000000000004」。

09／03

發布訂定「基因改造食品諮議會設置辦法」。

09／05

本部疾病管制署羅一鈞及蔡懷德二位防疫醫師赴奈及利亞協助台商僑胞防範伊波拉病毒感染，並親赴當地醫院，實際考察當地醫療情況，亦與世界衛生組織、美國等專家進行交流。

09／05

發布訂定「食品或餐飲服務等郵購買賣定型化契約應記載及不得記載事項」，並自104年1月日生效。

09／05

公告修正「醫療器材查驗登記審查準則」，其修正要點如下：一、明訂臨床前試驗與原廠品質管制之定義，檢測實驗室規格之認證標準，並簡化臨床前測試送審程序。二、配合第一等級醫療器材於103 年3 月11 日需全面符合優良製造規範（GMP）修正相關條文，並增列第一等級醫療器材查驗登記線上申辦相關規定。三、增列第三等級醫療器材須符合「醫療器材安全性與功效性基本規範及技術文件摘要指引」相關規定。

09／09

公告訂定「單方食品添加物應明顯標示許可證字號」，依據食安法第24條第1項第9款訂定，並自即日生效。

09／09

公告廢止「增列食品添加物應標示事項」，並自即日生效。

09／12

公告「自即日起停止受理香港生產製造之食用豬油（脂）輸入食品查驗」規定。

09／12

公告「自即日起，中國大陸（含香港及澳門）輸入之食用油脂應檢附輸出國衛生主管機關核發之可供人類食用衛生證明文件，始得申請輸入食品查驗」規定。

09／15

發布「居家式托育服務提供者登記及管理辦法」，自103年12月1日起，只要是照顧三親等以外兒童的托育人員，依法須向直轄市、縣（市）主管機關辦理登記，如未辦理登記即執業者，或未依規定收托兒童者，將裁處6千元至3萬元罰鍰。

09／16 ～ 17

本部與臺灣健康城市聯盟共同辦理第6屆「健康城市暨高齡友善城市獎項評選」，並於桃園縣多元藝文中心舉辦頒獎暨成果發表會，邀請吳副總統敦義蒞臨頒獎。

09／18

發布修正「社區發展工作綱要」。

09／21

本部社會及家庭署陳副署長素春陪同吳副總統敦義出席「中華民國各界慶祝第49屆老人節」表揚模範老人、敬老楷模暨親善孝親頒獎典禮，並頒發獎牌予獲獎的模範老人、敬老楷模及親善孝親學生。

09／23

公告「中華民國輸入規定F01、F02 貨品分類表」，並自103年11月1日生效。

09／24

發布訂定「藥師於執業處所外執行業務管理辦法」。

09／24

發布修正「藥劑生資格及管理辦法」第9條。

09／25

發布修正「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」部分條文。針對全面實施PIC/S GMP政策修正相關條文，以達藥政管理與健保支付一元化之目標；另簡化收載程序、明定必要或不可替代之特殊材料，提出調高支付點數之規範。

09／26

公告修正「中華民國輸出入貨品分類號列1301.90.40.00-7『蟲漆』等224項（附件）號列，如屬食品或食品添加物（含香料）用途者，應依照『食品及相關產品輸入查驗辦法』規定，向衛生福利部食品藥物管理署申請辦理輸入食品查驗」，並自中華民國103年9月30日生效。