9/1　發布修正「醫療機構設置標準第9 條附表( 七) 診所設置標準表」，護產人員配置，由每2 位醫師應有1 人，修正為每2 間診療室應有1 人以上。

9/2　發布訂定「罕見疾病及罕見遺傳疾病缺陷照護服務辦法」，全文11 條。

9/6　公告修正「化粧品得宣稱詞句例示及不適當宣稱詞句列舉」部分規定，名稱並修正為「化粧品得宣稱詞句例示及不適當宣稱詞句例示」，自106 年4 月1 日生效。

9/6　發布訂定「藥品追溯或追蹤系統申報及管理辦法」，全文8 條，自發布日施行。

9/6~7　疾病管制署與日本國立感染症研究所(NIID) 舉辦「第13 屆台日雙邊研討會」，日本NIID 所長倉根一郎等14 名該所人員來台與會，雙方針對抗藥性疾病、急性呼吸道傳染病、結核病及流行病學調查等議題進行交流討論。

9/8　發布訂定「特定藥物專案核准製造及輸入辦法」，全文8 條，自發布日施行。

9/12　公告修正「原住民及離島地區醫事人員養成計畫公費生服務管理要點」。

9/20　發布訂定「災區受災國民年金保險被保險人保險費補助辦法」，並自104 年8 月6 日施行。

9/21　公告修正「緊急醫療資源不足地區之急救責任醫院」，計67 家醫院，其急診診察費予以加成30-80%，並對急診案件給予點值保障1 點1 元，以保障該等醫院急診品質。

9/22　公告修正「含Diclofenac 成分皮膚外用製劑藥品標準化仿單」，自即日起生效。

9/22　公告訂定「紅麴製品之食品製造業者良好衛生作業指引」，並自即日起生效。

9/23　公告新增生物素酶缺乏症、中心軸空肌病、多微小軸空肌病等3 項疾病為罕見疾病。

9/27　公告修正醫療法第86 條第7 款所稱「其他不得為之方式」，新增不得刊播手術或治療前後比較影像、不得刊播藝人影像及不得以優惠、團購、直銷、消費券、預付費用、贈送療程或針劑等意圖促銷等行為。

9/28　發布修正「藥事法施行細則」第33 條條文，以符合食品原料使用藥食兩用中藥單方藥品之現況需求。

9/29　公告「106 年度醫院評鑑基準（區域醫院、地區醫院適用）」，將醫院評鑑基準自188 條簡化為110 條，並於　106 年1 月1 日正式施行。