「防疫雲體系」自2014年推動以來，2年有成，已有58家醫療院所加入防疫雲體系，涵蓋範圍遍及全國。未來，疫病資料將朝開放性平臺發展，除簡化疫病通報流程，即時掌握傳染病發生情形，爭取防疫時效外，民間產業、學術機構或相關政府部門都能跨域介接，進行合作，使資料能加值運用。
傳染病通報單雲端管理 提升防護時效
「傳染病通報系統」為疾管署收集傳染病疫情訊息的重要管道，現行是由醫院感控人員或衛生局所人員以紙本傳真或網頁系統登錄方式，將傳染病個案基本資料及附加資訊鍵入系統。雖然國內的醫院大都已建置有資訊系統，然而傳染病通報系統與醫院資訊系統並無串連，因此仍須由醫院第一線人員將醫院系統內之資訊，以人工方式逐一登入傳染病通報系統，通報的不便捷，除影響通報時效外，更甚影響通報意願。
疾管署規劃「運用醫院電子病歷進行傳染病通報計畫」，建置標準傳染病通報交換格式，並經由XML Web Service自動資料交換機制，自醫院的電子病歷擷取傳染病通報單所需資料；同時透過本計畫的研判資訊回饋機制，醫院資訊系統可由Web Service自動收取個案研判結果。因此，醫院工作人員由其醫院資訊系統即可完成法定傳染病的通報及結果查詢等作業，不需額外再登入傳染病通報系統，重複鍵入資料，大大提高通報的便利性，並能降低醫院延遲通報率、節省系統登入、資料輸入及紙本印製等時間與成本。
目前已有29家醫療院所參與「運用醫院電子病歷進行傳染病通報計畫」進行法定傳染病通報，加速中央及地方衛生機關掌握傳染病流行與預警時效，進而提升國家在面臨重大傳染病發生時的疫情反應能力。
建立主動監測機制 加速掌握病原體流行波動
社區中存在感染性病原體眾多，過往疾管署對於重要病原體的流行趨勢監測，是委由合約實驗室進行採檢後，再由人工逐筆登錄檢驗結果， 相當耗時及耗費成本。經參考美國奧瑞岡州衛生部部門「實驗室電子化自動通報」（Electronic Laboratory Reporting, ELR）之建置及運用經驗， 疾管署規劃建置一項全新的「實驗室傳染病自動通報系統」。
