6/1 公告訂定「『嬰兒專用濕巾』納入化粧品種類管理」，自即日起製造之嬰兒專用濕巾應符合化粧品衛生管理條例之規定。

6/2 為協助經濟弱勢家庭透過長期儲蓄及早為孩子累積資源，開辦「兒童與少年未來教育及發展帳戶」，並舉辦啟動儀式，陳副總統建仁親臨會場，呼籲各界共同響應。

6/2 公告訂定「自動販賣機販售食品之標示規定」，並自106年7月1日生效。

6/3 發布訂定《長期照顧服務機構設立標準》全文20條，並自即日起施行。

6/3 發布訂定《長期照顧服務機構設立許可及管理辦法》全文37條，並自即日起施行。

6/3 發布訂定《外國人從事家庭看護工作補充訓練辦法》全文12條，並自即日起施行。

6/3 本部食品藥物管理署舉辦「106年全國反毒檢討會議」，會中陳副總統建仁對反毒工作奉獻不遺餘力的團體、績優縣市之毒品危害防制中心以及反毒黑客松得獎隊伍進行頒獎，並就行政院所提出之「新世代反毒策略」說明。

6/3 公告訂定「經由自然生育顯有生育異常子女之虞之重大遺傳性疾病項目」，並自即日生效。

6/5 公告修訂「106年度全民健康保險中醫門診總額醫療資源不足地區改善方案」，新增嘉義縣布袋鎮為106年度方案施行地區。

6/8 公告修訂「全民健康保險鼓勵醫事服務機構即時查詢病患就醫資訊方案」，自106年7月1日起實施。

6/13 本部中央健康保險署北區業務組榮獲第九屆政府服務品質獎「第一線服務機關」類別獎項。

6/14 公布修訂《藥事法》第88、92條條文；並增訂第53-1條條文。本次修正重點係為建立西藥運銷許可制度及實施西藥優良運銷規範，以建構民眾更完善的藥品安全環境。

6/15 公告「客製化電腦輔助型顱顏骨固定系統為全民健康保險自付差額之特殊材料品項類別」，依本保險全額給付之微型顱顏骨網片系統為給付上限，由保險對象自付其差額，並自106年8月1日施行。

6/15 公告修正「傳染病檢驗及檢驗機構管理辦法」。

6/19 本部呂政務次長寶靜陪同蔡總統英文前往宜蘭視察「頭城衛生所」，總統肯定宜蘭結合醫療與長照資源，充分照顧長者健康，也期許政府透過前瞻計畫，支持各縣市改建閒置公共空間，廣設置長照據點，讓長照服務更普及。

6/19 韓國健保公團緩和療護醫療廳長Young Ko主任等乙行7人拜訪本部中央健康保險署，由李副署長丞華代表接見，雙方就二代健保改革內容進行交流。

6/21 身心障礙者權利公約初次國家報告國際審查委員會主席長瀨修拜會本部，由呂政務次長寶靜代表接見，雙方就我國初次國家報告及國際審查相關事宜交換意見。

6/23 本部陳部長時中陪同蔡總統英文至桃園市復興區衛生所視察「長期照顧十年計畫2.0」推動情形，總統肯定長照服務應發展在地特色，並期許相關部會做到百分百的溝通協調，與地方政府充分合作，把長照服務的成功經驗普及到全國各地。

6/26 公告修訂「全民健康保險急性後期整合照護計畫」，自106年7月1日起實施，擴大照護對象範圍，新增創傷性神經損傷、脆弱性骨折、心臟衰竭及衰弱高齡病人，另新增急性後期整合照護居家模式。

6/26 美國西北地區州議會領袖訪問團Hon. Steve Harshman等乙行11人拜訪本部中央健康保險署，由李署長伯璋代表接見，雙方就醫療糾紛費用等議題進行交流。

6/28-29 本部食品藥物管理署舉辦106年度「APEC不法藥物國際研討會」，與6國代表及專家學者就不法藥物檢驗技術及管理機制進行經驗交流與分享，以期提升我國專業能力並有效打擊不法藥物之流竄，替國人用藥與安全把關。